В 1654 году на месте пригорода современного Шебекино был построен город-крепость Нежегольск, который входил в белгородскую оборонительную черту. Белгородская оборонительная черта долгое время была южным рубежом Русского государства, на котором удерживались осуществлявшие набеги крымские татары с юга и польско-литовские войска с запада.

Датой возникновения Шебекино принято считать 1713 год, когда оно впервые было обозначено на российских картах. Свое название поселение получило по фамилии первого землевладельца, который поселил здесь своих крепостных, основал селение. Подполковник Иван Дмитриевич Шибеко, являющийся одним из участников Полтавской битвы, купил 160 четвертей земли у дворянина Н.Р.Маслова. Он поселил на правом берегу реки Нежеголь своих крестьян. В своем имении, кроме усадьбы, он построил и мельницу.

В 1716 году Шибеко и его жена умерли, не оставив после себя детей. Все имении перешло в арендное владение Алексею Владимировичу Макарову, бывшему кабинет-секретарем Петра I. Он постоянно сопровождал Петра I в поездках. Имея большое влияние на ход государственных дел, Макаров сделал блестящую карьеру. За содействие возведению на престол Екатерины I был награжден чином тайного советника и крупными поместьями. В годы царствования Екатерины I Алексей Васильевич пользовался большим авторитетом и влиянием. Принимал активное участие в работе Верховного Тайного совета. В 1727 году он купил у В.В.Титова и Титовку с имеющимся там суконным заводом. На этом заводе тогда трудились 1 мастер и 3 работника. Впоследствии Титовка принадлежала внучке Макарова, которая вышла замуж за подполковника Михаила Ивановича Батезатула. После смерти А.В.Макарова слобода Шибекина стала объектом многих споров. Неоднократно менялись ее владельцы. В 1785 году слобода Шибекина (впоследствии Шебекина) перешла во владение Екатерине Петровне Барятинской (1750-1811). В 1928 году Шебекино становится центром одноименного уезда, а через 10 лет преобразуется в город. Перед войной, на южном песчаном берегу реки Нежеголь, на краю города высаживается целый бор сосен. Впоследствии, при расширении города этот бор оказывается в его центре, его называют Парком культуры и отдыха и он становится одной из достопримечательностей города.

В послевоенное время Шебекино быстро развивался как город химиков. В 1948 году началось строительство, а в 1953 году вступил в строй химический завод — первенец новой в стране химической промышленности синтетических жирных кислот и жирных спиртов, производящей жирозаменители и моющие средства на основе поверхностно-активных веществ. В СССР были широко известны стиральные порошки "Новость", "Кристалл", "Нептун", выпускались также жидкие моющие средства "Фея", "Альфия", "Ива". Строительство завода "украсило" ландшафт города высокой трубой (102 метра), которая и по сей день является одним из наиболее значительных городских сооружений.