Черняховск расположен в месте, где, сливаясь, реки Инструч и Анграпа образуют исток реки Преголи. Город был основан в 1336 году немецкими рыцарями Тевтонского ордена в ходе завоевания Пруссии, как замок. В июне 1812 года в Инстербурге побывал Наполеон. Город был сильно повреждён во время бомбардировок английской авиации в августе 1944 года. Город был взят советскими войсками 21—22 января 1945 года. После войны город был переименован в честь командующего войсками 3-го Белорусского фронта Ивана Даниловича Черняховского.