Своим возникновением город обязан Лисаковскому железорудному месторождению, открытому в 1949 году. Город и горно-обогатительный комбинат начали строить на пустом месте в степи и через десять лет, в 1971 году посёлок Лисаковск стал городом.

В 1984 году на территории современного города были обнаружены поселение и могильник эпохи бронзы. Комплекс датируется XV-XVIII веками до нашей эры и относится к племенам андроновской культуры. За годы исследований было вскрыто более двух тысяч м² поселения и раскопано более полутораста погребальных сооружений в виде курганов и каменных оград. Эти находки характеризуют основные системы жизнеобеспечения и религиозные представления индоиранских племен середины второго тысячелетия до нашей эры, населявших степную зону Верхнего Притоболья. В коллекцию городского музея, где хранится основная часть находок, входят более 200 керамических сосудов, 30 золотых ювелирных изделий в форме колец, более 40 бронзовых украшений (кольца, браслеты, украшения для кос), каменные, костяные, бронзовые орудия труда. На Лисаковском могильнике было найдено и изучено более ста погребальных конструкций. Найдены детали погребального обряда, поражающие своей сохранностью: остатки деревянных конструкций, фрагменты текстиля, плетения, войлока. Одной из редких находок является идол антропоморфной формы. Раскопки «Кургана вождя» демонстрируют сложную космогоническую идею, заложенную в архитектурном исполнении кургана. Городская администрация поддерживает исследования ученых-археологов в окрестностях города и логическим продолжением этой работы считает создание эколого-культурного центра «Тумар», как экспериментального комплекса туристических, образовательных, этнографических объектов.