История города напрямую связана с одноименным замком. Первоначально это были поселения с названием Podhradi, что значит "поселение вокруг замка". Поселения получили статус города в 1907 году, город получил название Хлубока, а через год, в 1908 году, после присоединения деревни Zamosti на другом берегу реки Влтава, город переименован в Хлубока-над-Влтавой.

Замок, вокруг которого образовался городок, был построен в XIII веке, в готическом стиле, на горе высотой 83 метра. За свою многовековую историю дважды полностью перестраивался, а хозяев менял 26 раз. В его истории были продажи, конфискации за долги, изъятие в казну за убитого на королевской охоте зайца. В середине XVII века замок стал на 200 лет владением рода Шварценбергов, которым принадлежала половина Чехии. В 1947 году замок был национализирован и стал государственным музеем, но по легенде, здесь живет привидение, таинственная Белая Дама, которое иногда пугает посетителей.

В городе Хлубока-над-Влтавой много других исторических, культурных, спортивных достопримечательностей. Сейчас вокруг города разбит английский парк площадью 190 гектаров с десятками прудов. В центре парка находится старинный романтический сад, рядом — картинная галерея Алеш. В здании Княжеского суда выставляются картины современных художников. За территорией парка, начинается заповедник, расположенный по обе стороны реки Влтава, площадь которого более 3000 гектаров. В двух километрах от центра города находится охотничий замок Ловецки замок Ограда, бывший охотничий домик Короля Карла IV, а за ним — конноспортивный центр. В культурном центре Панорама находится кинотеатр, библиотека с бесплатным интернетом.