Благословение на строительство Свято-Троицкого Богоявленского мужского монастыря было получено в 1620 году от Патриарха Иерусалимского Феофана III. Монастырь расположился на окраине Орши близ впадения реки Кутеинки в Днепр.

В 1630 году при монастыре была основана типография, крупнейшая на то время в Белой Руси. В 1631 году печатник Спиридон Соболь здесь выпустил первый «Букварь» на белорусском языке; среди других книг — «Лексикон» Памва Берында, «Брашно духовное», «Новый Завет», «Псалтирь блаженного пророка и царя Давида», «Новый Завет, в нем же и псалтирь», многочисленные ноты. Кутеинская типография имела прочные связи с местной школой гравюры, к формированию которой также был причастен Спиридон Соболь: все изданные в типографии книги была красиво декорированы и украшены заставками.

В 1635 году киевским митрополитом Петром Могилой в монастыре был освящён деревянный Богоявленский собор с нижним каменным храмом во имя праведного. Лазаря.

В 1656 году монастырь посетил царь Алексей Михайлович. Согласно его приказу, знаменитые резчики по дереву Арсений и Герасим и гравёр Паисий отправились в Москву, где работали в Оружейной палате Кремля, украшали Коломенский царский дворец и церкви в Измайлово. В Москве работал и кутеинский мастер по изготовлению матриц для отливки шрифта Каллистрат.

В 1917 году монастырь был закрыт и разорен, храмы, колокольни и монастырские стены разрушены, на месте монастырского кладбища построены гаражи, бывшие кельи приспособлены под жильё.

В 1990 году была зарегистрирована община при бывшем кутеинском монастыре, в 1992 году обитель возобновлена. В 1995 году отреставрирован Свято-Троицкий храм.